神经元微核的增殖调节小胶质细胞特征

小胶质细胞 — 驻留在中枢神经系统中的免疫细胞 — 响应来自局部环境的信号而发生形态和功能变化，并成熟为各种稳态状态。然而，小胶质细胞分化和成熟的生态位信号仍然未知。在这里，我们表明神经元微核 （MN） 转移到小胶质细胞，随后在出生后改变小胶质细胞特征。神经元穿过发育中的新皮层的致密区域产生 MN 并将其释放到细胞外空间，然后被整合到小胶质细胞中并诱导形态变化。双光子成像分析表明，掺入 MN 的小胶质细胞往往会缓慢地缩回其过程。cGAS...

通过 Ss-STARR-seq 揭示人类细胞的全基因组沉默器

沉默器，即阴到增强子的阳，在整个基因组中微调基因表达中起着关键作用。然而，尽管它们的重要性已得到认可，但基因组中这些调节元件的全面鉴定仍处于早期阶段。我们开发了一种称为 Ss-STARR-seq 的方法，可以直接确定全基因组中沉默器的活性。在这项研究中，我们将 Ss-STARR-seq 应用于人类细胞系 K562 、 LNCaP 和 293 T，并在全基因组范围内分别鉴定了 134,171、 137,753 和 125,307 个沉默器...

Pard3/JamC 的 Siah2 拮抗作用调节 Ntn1-Dcc 信号传导以调节小脑颗粒神经元生发区退出

离开生发区 （GZ） 会启动一连串事件，促进神经元成熟和回路组装。发育中的神经元及其祖细胞必须解释各种生态位信号，例如形态发生素、引导分子、细胞外基质成分和粘附线索，才能在这个区域导航。小鼠大脑中的分化神经元在退出 GZ 时如何与其细胞内在机制整合和适应多个细胞外源性生态位线索尚不清楚。我们建立了细胞极性调节粘附和 Netrin-1 信号传导之间的合作，该信号传导包括一个重合检测电路，将成熟神经元从其 GZ 中排斥。在这个回路中，分配缺...

幽闭杏仁核和古皮层神经元和回路的规格

幽闭-杏仁核复合体和梨状皮层 （PIR;构成古皮层的一部分） 中的腹外侧 （VLp） 兴奋性神经元与前额叶皮层 （PFC） 形成相互连接，整合认知和感觉信息，从而产生适应性行为1,2,3,4,5.这些回路的早期生活中断与神经精神疾病有关4,5,6,7,8，强调了了解他们发展的重要性。在这里，我们揭示了转录因子 SOX4、SOX11 和 TFAP2D 在这些兴奋性神经元的发育、身份和 PFC 连接中起着关键作用。有丝分裂后兴奋性神经元中 ...

细菌转录因子 TetR 的高度坚固但可导航的调控环境

转录因子结合位点 （TFBS） 是进化创新的重要来源。通过绘制 TFBS 自适应景观，可以了解进化如何导航此类地点的序列空间。在这样的环境中，单个位置对应于由转录因子结合的 TFBS。该位置的升高对应于序列传递的转录调控强度。在这里，我们开发了一种体内大规模平行报告基因测定法来绘制细菌 TFBS 的景观。我们将该测定应用于 TetR 阻遏物，其已知的 TFBS 很少。我们量化了 17,765 个 TFBS 的转录抑制强度，并表明所得景观...

GAP43 的不稳定变体导致神经发育缺陷

生长相关蛋白 43 （GAP43） 是一种膜相关磷蛋白，主要在神经系统中表达，控制轴突生长、分支和寻路。虽然已经报道了 GAP43 与人类神经系统疾病之间的关联，但其潜在机制在很大程度上仍然未知。我们对一名患有智力障碍 （ID）、神经发育障碍、身材矮小和骨骼异常（如腿部左右差异和手指畸形）的患者进行了全外显子组测序，并确定了 GAP43 基因的杂合错义变异 [NM_001130064.2： c.436G A/p.（E146K）]。变体...

基于可激发的 Ras 动力学筛选显示 RasGEFX 是巨胞饮作用和随机细胞迁移所必需的

真核生物趋化性的兴奋系统可以自发产生 Ras-GTP 富集结构域的不对称信号，以在没有指导线索的情况下驱动随机细胞迁移。然而，负责自发信号产生的分子仍然难以捉摸。在这里，我们通过 Ras-GTP 时空动力学的活细胞成像和分层聚类来表征在盘柄网柄网中编码的 RasGEFs，发现 RasGEFX 主要是自发产生 Ras-GTP 富集结构域所必需的，并且对于与饥饿细胞中的 RasGEFB/M/U 结合的随机迁移至关重要，并且它们对于趋化趋化因...

E2-Ub-R74G 策略揭示了活细胞中 E2 特异性泛素偶联曲线

E2 泛素 （Ub） 偶联酶主要确定 Ub 偶联为 Ub-异肽（赖氨酸）、Ub-氧酯（丝氨酸/苏氨酸）或 Ub-硫酯（半胱氨酸）。然而，细胞内的 E2 特异性 Ub 偶联曲线仍然难以捉摸。在这里，我们开发了融合 E2-Ub-R74G 分析 （FUSEP） 策略，以访问具有氨基酸分辨率的细胞中的 E2 特异性 Ub 偶联曲线。探针特异性亮氨酸-甘氨酸-甘氨酸-甘氨酸修饰的 Ub 残余物能够对非赖氨酸 Ub 偶联进行系统研究，并提供位点特异...

MARTRE 家族蛋白负向调节 CCR4-NOT 活性，以保护 poly（A） 尾长并促进母体 mRNA 的翻译

哺乳动物的早期胚胎发育需要翻译从卵母细胞遗传的母体 mRNA。虽然 poly （A） 尾长会影响卵母细胞到胚胎转化 （OET） 期间的 mRNA 翻译效率，但调节母体 RNA poly （A） 尾长的分子机制尚不完全清楚。在这项研究中，我们确定了 MARTRE，一个以前未表征的蛋白质家族 （MARTRE1-MARTRE6），作为小鼠 OET 期间表达的调节 poly （A） 尾长的调节因子。MARTRE 通过与脱腺苷酶 CCR4-NOT...

正交 RNA 复制在哺乳动物细胞中实现定向进化和达尔文适应

哺乳动物细胞的定向进化为推进合成生物学应用提供了一种强大的方法。然而，现有的基于哺乳动物的定向进化方法面临巨大的瓶颈，包括宿主基因组干扰、小文库大小和不受控制的诱变。在这里，我们设计了一个正交的 α 病毒 RNA 复制系统来进化基于 RNA 的设备，从而在增殖的哺乳动物细胞中实现 RNA 复制酶辅助连续进化 （REPLACE）。该系统通过复制酶限制的复制和诱导诱变模式产生一个大型的、连续多样化的复制 RNA 文库。使用 REPLACE，...

SYK 融合激酶中 N 末端区域的差异调节作用揭示了 ITK-SYK 独特的激活诱导核转位

ITK-SYK 和 TEL-SYK（也称为 ETV6-SYK）是人致瘤嵌合蛋白，分别包含 SYK 的激酶区和 ITK 的膜靶向、N 末端、PH-TH 结构域双峰或 TEL 的二聚化 SAM-PNT 结构域。ITK-SYK 导致外周 T 细胞淋巴瘤，而 TEL-SYK 见于骨髓增生异常综合征。BTK 是一种与 ITK 高度相关的激酶，为了进一步描述 N 端的作用，我们生成了相应的融合激酶 BTK-SYK。通过生成和分析这些融合激酶，我们旨...

琼脂糖水凝胶介导的电穿孔方法，用于在气液界面培养的视网膜组织

在气液界面培养离体视网膜和其他组织以实现更有效的气体交换是有利的。然而，将基因递送到这些培养物可能具有挑战性。电穿孔是一种快速而稳定的基因递送方法，但通常需要浸没在液体缓冲液中以使电流流动。我们开发了一种无浸没电穿孔技术，该技术在正电极和视网膜之间包含一个琼脂糖水凝胶盘。在长时间培养后，视网膜内神经元和 Müller 胶质细胞转染的倾向增加。我们还观察到电刺激后 BrdU 在 Müller 胶质细胞中掺入的增加，以及从具有不同启动子的表...