靶向 DNA ADP 核糖基化触发细菌模板化修复和真核生物碱基诱变

碱基编辑器通过引导核碱基脱氨或去除来创建精确的基因组编辑，而不会诱导双链 DNA 断裂。然而，基因组编辑的其他 DNA 修饰的巨大化学空间仍有待探索。在这里，我们利用细菌抗噬菌体毒素 DarT2 将 ADP-核糖基部分附加到 DNA 上，从而在细菌与真核生物中解锁不同的编辑结果。我们将减毒的 DarT2 融合到 Cas9 切口酶，对靶 DNA 序列内胸腺嘧啶的位点特异性 ADP 核糖基化进行编程。在测试的细菌中，靶向驱动同源重组，提供灵...

通过祖细胞扩张和粘附控制的神经元迁移相结合的皮层折叠

哺乳动物大脑皮层折叠成沟裂和回峰是尚不完全了解的复杂过程的结果。之前我们表明，Flrt1/3粘附分子的遗传缺失导致光滑的小鼠皮层折叠成沟，这是由于横向分散增加和神经元迁移加快，而没有祖细胞扩张。在这里，我们在小鼠中表明，将 Flrt1/3 双敲除与导致祖细胞扩张的额外遗传缺失相结合，极大地增强了皮层折叠。通过缺失 Cep83 来扩展中间祖细胞导致 Flrt 突变神经元的相对增加，从而增强沟的形成。通过缺失 Fgf10 来扩展顶端祖细胞导...

靶向 CRISPR 筛选揭示了隐孢子虫在宿主肠道中存活所必需的基因

隐孢子虫寄生虫是儿童腹泻发病率和死亡率的主要原因之一，青少年感染与慢性营养不良有关。没有可用于保护的疫苗，只有一种药物被批准用于治疗，但疗效有限。开发新疗法的一个主要障碍是缺乏隐孢子虫生物学的基础知识，包括哪些寄生虫基因对生存和毒力至关重要。在这里，我们迭代改进了用于基因纵隐孢子虫的工具，并开发了一种基于 CRISPR 的靶向筛选方法，以快速评估单个寄生虫基因的丢失如何影响体内存活。使用这种方法，我们检查了寄生虫的嘧啶补救途径和一组领先...

用于蛋白质组范围相互作用组研究的体内交联和有效二维富集

交联质谱法已发展成为一种研究蛋白质-蛋白质相互作用和提供结构信息的强大技术。反应效率低，基质复杂，导致系统范围的交联分析具有挑战性。我们改进并简化了基于叠氮化物-A-DSBSO的体内交联工作流程，采用了两个正交的有效富集步骤：亲和富集和尺寸排阻色谱（SEC）。结合使用，它们可以有效富集含有DSBSO的肽，并去除线性和单联肽的背景。我们发现，分析单个SEC馏分可有效产生~90%的所有交联，这在测量时间有限且样品通量至关重要的情况下非常重要...

scIVNL-seq 解析沙门氏菌感染期间免疫细胞的体内单细胞 RNA 动力学

针对病原体的免疫反应涉及多种细胞状态转变和复杂的基因表达变化。在这里，我们建立了一种单细胞体内新RNA标记测序方法（scIVNL-seq），并将其应用于调查沙门氏菌急性肠道感染免疫反应期间的时间分辨RNA动力学。我们表明，与总 RNA 水平相比，新 RNA 合成的检测反映了有关细胞活化和基因转录的更真实的信息。RNA 合成和降解的相互作用调节总 RNA 的动力学。骨髓巨噬细胞在沙门氏菌感染后的早期阶段首先启动。相比之下，肠道中巨噬细胞的...

通过原始编辑策略精确校正 iPSC 中 G6PD Viangchan 突变

葡萄糖-6-磷酸脱氢酶 （G6PD） 缺乏症患者在氧化应激下面临严重溶血危象的重大风险。目前，尚未开发出该疾病的明确和治愈性治疗方法。在 200 多种 G6PD 变体中，G6PD Viangchan （c.871 G A） 最为普遍，并在东南亚进行了广泛研究。本研究评估了初免编辑在校正已建立突变HEK293T细胞系和 G6PD 缺陷诱导多能干细胞 （iPSC） 中的 G6PD Viangchan 突变的有效性。使用优化的模式，prim...

RING finger E3 连接酶 RNF25 保护 DNA 复制叉，独立于其在泛素信号传导中的经典作用

使细胞能够耐受 DNA 复制应激的 DNA 损伤反应 （DDR） 机制对于基因组稳定性和细胞活力至关重要。使用无偏倚的遗传筛选，我们确定了 RING 指 E3 泛素连接酶 RNF25 在促进 DNA 复制应激耐受性方面的作用。为了响应 DNA 复制应激，RNF25 缺陷细胞产生异常高水平的单链 DNA （ssDNA），在 S 期积累并显示有丝分裂进入减少。使用单分子DNA纤维分析，我们表明RNF25可以保护叉重塑剂HLTF产生的反向DN...

核糖体水平的程序性下降控制着人类早期神经发育

许多神经发育缺陷与参与管家功能的基因有关，例如编码核糖体生物发生因子的基因。核糖体生物发生的减少如何导致组织和发育特异性缺陷仍不清楚。在这里，我们描述了核糖体生物发生因子 AIRIM/C1orf109 中主要与神经发育障碍相关的变异。将人脑类器官与蛋白质组学、单细胞RNA测序和单类器官翻译分析相结合，我们确定了早期大脑发育过程中蛋白质产量的下降。我们发现核糖体水平在神经上皮分化过程中降低，使得分化细胞在此期间特别容易受到核糖体生物发生的...

由人体肠道中常见细菌合成的多肽可改善啮齿动物的新陈代谢

人类肠道微生物群有可能合成可能影响宿主新陈代谢的蛋白质。在这里，我们报告了两种多肽，即 RUMTOR 衍生的肽 （RORDEP） 1 和 RORDEP2，它们在人类血液中循环，并由与人类肥胖成反比的肠道共生瘤胃球菌扭矩的特定菌株合成。在高脂肪饮食的瘦小鼠和饮食诱导的肥胖小鼠中，使用表达 RORDEP 的菌株口服强饲可改善葡萄糖耐量、增加骨密度和减少脂肪量，并增强参与产热和脂肪分解的基因和蛋白质的表达。大鼠腹腔内给予重组RORDEP1降低...

双谱系起源有助于新皮质星形胶质细胞多样性

星形胶质细胞不是一个统一的种群，但表现出不同的形态、分子和功能特征。然而，这种多样性在发展过程中是如何产生和建立的，在很大程度上仍然未知。在这里，我们使用单细胞RNA测序和空间转录组学，在小鼠新皮质中鉴定了五种具有独特分子特征、空间分布和功能的星形胶质细胞亚型，并表征了它们形成的基本调节因子。使用 TrackerSeq 追踪克隆相关的星形胶质细胞，我们确定了产生这五种亚型的两种不同的谱系。一个谱系源自 Emx1 径向神经胶质细胞，该细胞...

用于癌症免疫治疗的CRISPR编辑的原代小鼠CAR T细胞的制造

使用 CRISPR-Cas9 编辑嵌合抗原受体 （CAR） T 细胞已成为改善其抗肿瘤功能或安全性的常规策略。免疫缺陷小鼠的异种移植肿瘤模型通常用于评估CRISPR编辑的人CAR T细胞的功能。然而，这些模型缺乏功能性免疫系统，因此无法概括障碍，例如 CAR T 细胞在患者中会遇到的免疫抑制肿瘤微环境 （TME）。因此，对小鼠CAR T细胞进行基因改造以用于免疫完整模型是一种有吸引力的方法，可以探索给定基因缺失对天然TME内CAR T细...

中科国腾荣获南通市 “海创杯” 上海城市赛二等奖

8月7日，备受瞩目的南通市第五届“海创杯”海外高层次人才创新创业大赛（上海城市赛）暨崇川区创新创业生态环境推介会在上海圆满举行。本次活动由南通市委统战部（市侨办）、南通市委组织部（人才办）主办，汇聚了众多行业精英与优质项目。中科国腾®生物科技有限公司的“用于细胞治疗药物研发生产的高通量电转染仪的产业化”项目，经复旦张江南通科创中心推荐，凭借技术优势与市场潜力斩获二等奖，成为现场焦点。活动现场，在沪南通籍海归青年人才代表、崇川在沪企业家代...