使用病毒编码的基于CRISPR的直接读出系统（VECOS）对宿主-病毒相互作用进行多维分析

CRISPR-Cas9 技术改变了基因功能的研究，能够系统地研究宿主-病毒相互作用。然而，在病毒感染的背景下，大多数基于 CRISPR 的筛选都依赖于细胞存活作为读数，这限制了它们的敏感性并使结果偏向于早期感染阶段。为了应对这些挑战，我们开发了病毒编码的基于CRISPR的直接读出系统（VECOS），这是一种以病毒为中心的方法，其中人类巨细胞病毒被改造为直接从其基因组表达单引导RNA（sgRNA）文库。该系统允许嵌入病毒基因组中的 sgRNA 丰度，作为基因扰动对病毒传播影响的直接和定量读数。通过跟踪病毒感染周期不同阶段的 sgRNA 水平，VECOS 能够对病毒与宿主的相互作用进行详细的多维分析。在这里，我们提出了一个模块化的详细协议，用于（1）使用细菌人工染色体在双链DNA病毒中构建和重构复杂的sgRNA文库，（2）进行多代筛选以研究对病毒感染各个阶段的扰动影响，以及（3）利用数据分析的综合框架分析多代和多阶段sgRNA丰度测量。成功实施这个完整的协议需要 14-22 周的时间，需要熟练掌握分子生物学，以及对基于 Unix 的计算和 R 编程进行数据处理的基本熟悉。该协议为研究人员提供了一个强大的工具，用于揭示驱动病毒传播和宿主-病毒相互作用的分子机制。

原标题：Multidimensional analysis of host–virus interactions using the virus-encoded CRISPR-based direct readout system (VECOS)

通讯作者：Michal Schwartz & Noam Stern-Ginossar

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