scIVNL-seq 解析沙门氏菌感染期间免疫细胞的体内单细胞 RNA 动力学

针对病原体的免疫反应涉及多种细胞状态转变和复杂的基因表达变化。在这里，我们建立了一种单细胞体内新RNA标记测序方法（scIVNL-seq），并将其应用于调查沙门氏菌急性肠道感染免疫反应期间的时间分辨RNA动力学。我们表明，与总 RNA 水平相比，新 RNA 合成的检测反映了有关细胞活化和基因转录的更真实的信息。RNA 合成和降解的相互作用调节总 RNA 的动力学。骨髓巨噬细胞在沙门氏菌感染后的早期阶段首先启动。相比之下，肠道中巨噬细胞的先天免疫反应是有限的。值得注意的是，肠道 CD8 T 细胞和浆细胞在感染后的早期阶段被迅速特异性激活。肠道晚期肠细胞快速表达MHC-I分子，并将沙门氏菌抗原呈递给CD8 T细胞进行激活，作为启动适应性免疫的抗原呈递细胞。我们的研究结果揭示了免疫细胞响应沙门氏菌感染的RNA控制策略和动态激活规则，挑战了先天免疫和适应性免疫对细菌感染的理论边界。

原标题：scIVNL-seq resolves in vivo single-cell RNA dynamics of immune cells during Salmonella infection

通讯作者：Shunmin He & Zusen Fan

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