用于蛋白质组范围相互作用组研究的体内交联和有效二维富集

交联质谱法已发展成为一种研究蛋白质-蛋白质相互作用和提供结构信息的强大技术。反应效率低，基质复杂，导致系统范围的交联分析具有挑战性。我们改进并简化了基于叠氮化物-A-DSBSO的体内交联工作流程，采用了两个正交的有效富集步骤：亲和富集和尺寸排阻色谱（SEC）。结合使用，它们可以有效富集含有DSBSO的肽，并去除线性和单联肽的背景。我们发现，分析单个SEC馏分可有效产生~90%的所有交联，这在测量时间有限且样品通量至关重要的情况下非常重要。我们的工作流程从 K562 细胞中产生了 5000 多个交联，并生成了全面的 PPI 网络。在细胞核内发现的 393 个 PPI 中，有 56 个是新颖的。我们进一步表明，通过将 DSBSO 应用于核提取物，我们在丰度较低的蛋白质上产生更多的交联，并在主要在细胞核中表达的 DEAD-box RNA 解旋酶 DDX39B 上展示了这一点。我们的数据表明，DDX39B 可能与 DDX39A 一起以单体和二聚体形式存在于所分析的核提取物中。

原标题：In vivo crosslinking and effective 2D enrichment for proteome wide interactome studies

通讯作者：Karl Mechtler & Manuel Matzinger

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